“Dinamo” 1997-ci ildə “Polis Akademiyası” və “Qartal-95” klublarının birləşməsindən yaranıb.

1997/98-ci il mövsümündə Azərbaycan Yüksək liqasında debütü rəsmiləşib.

“Dinamo”nun ilk oyunu 1997-ci ilin 14 sentyabrına təsadüf edib. Tovuzda “Turan”ın qonağı olan komanda 1:1-lik heç-heçəyə imza atıb.

“Dinamo” tarixində ilk qələbəsini beşinci turda səfərdə “Kür-Nur” üzərində qazanıb - 1:0. Sonradan qələbələri sıralayan komanda yekunda 54 xalla mövsümü ikinci pillədə başa vurub.

Gümüş medala sahib çıxan “polislər” tarixində ilk dəfə UEFA Kubokunda çıxış etmək hüququ qazanıb.

Avrokuboklarda debüt 1998-ci ilin 22 iyulunda gerçəkləşib. Həmin gün Rumıniyada “Arceş”in qonağı olan komanda meydandan 1:5 hesablı məğlubiyyətlə ayrılıb.

Həmin görüşdə 37-ci dəqiqədə penaltidən rəqib qapısına yol tapan Nazim Əliyev “Dinamo”nun tarixinə avrokuboklarda vurulan ilk qolun müəllifi kimi düşüb.

Bakıda keçirilən ikinci görüşdə də rəqibinə uduzan (0:2) kollektiv UEFA kubokundakı çıxışını ilk mərhələdə başa vurub.

Bakıda keçirilən cavab görüşündə “Arceş”in ilk qolunun müəllifi hazırda “Neftçi”nin baş məşqçisi vəzifəsini tutan tanınmış rumın Adrian Mutu olub.

1998/99 mövsümündə Azərbaycan çempionatı fərqli formatda keçirilib. İlk mərhələdən sonra 3 qrupa bölünən kollektivlər 1-6, 7-10 və 11-14-cü yerlər uğrunda mübarizəni davam etdiriblər.

İlk mərhələdə inamlı təsir bağışlayan “Dinamo” 52 xalla üçüncü olub. Komanda lider “Kəpəz”dən 6, ikinci pillədə qərarlaşan “Qarabağ”dan cəmi 2 xal geri qalırdı.

Lakin həlledici mərhələdə uğursuz çıxış edən “Dinamo” keçirdiyi 10 oyunda cəmi 9 xal toplamaqla yekunda mövsümü altıncı pillədə başa vurub.

1999/2000 mövsümündə “Dinamo” 22 oyundan 31 xal toplamaqla çempionatı altıncı yerə bitirib.

2000/2001 mövsümündən etibarən komandanın adı “Dinamo-Bakılı” olub. Həmin futbol ilini kollektiv yenə altıncı pillədə başa vurub.

20 oyundan 29 xal toplayan “Dinamo-Bakılı” yekunda dördüncü olan “Şəfa”dan cəmi 2 xal az toplamaqla, avrokuboklardan kənarda qalıb.

“Dinamo-Bakılı” medalçılar sırasına düşə bilməsə də, komandanın hücumçusu Paşa Əliyev 13 qolla çempionatın bombardiri olub.

2001/2002 mövsümü komandanın tarixinə ən uğursuz mövsüm kimi düşüb. 22 oyundan cəmi 4 xal toplayan “Dinamo-Bakılı” 12 komanda arasında sonuncu olub.

Növbəti mövsüm qalmaqal səbəbindən Azərbaycan çempionatı yarımçıq qalıb.

2003/2004 mövsümü komanda yenidən “Dinamo” adına qayıdıb. Medalçılar sırasına düşə bilməsə də, mövsümü uğurlu saymaq olar. 26 turdan 41 xal toplayan “Dinamo” birinciliyi beşinci pillədə başa vurub.

2004/2005 mövsümündən "Baghlan Group" şirkətlər qrupu klubu himayəyə götürüb. Elə həmin ildən də klubun adı dəyişdirilərək "Bakı" olub.

Həmin vaxt klub prezidenti Yaşar Seyidovun razılığı ilə AFFA İcraiyyə Komitəsi “Bakı”nın “Dinamo”nu Premyer Liqada əvəzləməsi barədə qərar qəbul edib.

İddiası artan kollektiv 2004/2005 mövsümündə medal qazana bilməsə də, Azərbaycan kubokunun sahibi olub. Finalda “İnter”i məğlub edən “zolaqlılar” UEFA Kubokuna vəsiqə qazanıb.

Burada ilkin təsnifat mərhələsində Slovakiya “Jlina”sı “Bakı”nın rəqib olub. 2005-ci il iyulun 14-də Tofiq Bəhramov adına Respublika stadionunda keçirilən qarşılaşma “Bakı”nın 1:0 hesablı qələbəsi ilə yekunlaşıb.

Bu, klubun tarixinə avrokuboklardakı ilk qələbə kimi düşüb. Qələbə gətirən yeganə qolun müəllifi isə Ceyhun Sultanov olub.

Lakin cavab matçında rəqibinə 1:3 hesabı ilə uduzan “Bakı” mübarizəni yenə ilk mərhələdə dayandırıb.

2005/2006 mövsümü “Bakı” üçün daha uğurlu alınıb. 26 turdan sonra 58 xal toplayan “zolaqlılar” tarixində ilk dəfə Azərbaycan çempionu olub.

Qızıl medallara yiyələnən paytaxt klubu tarixində ilk dəfə ölkəmizi Çempionlar Liqasında təmsil etmək hüququ qazanıb. Lakin debüt uğursuz alınıb.

2006-cı il iyulun 11-də Çempionlar Liqasında ilk oyununa çıxan “Bakı” səfərdə Gürcüstan çempionu “Sioni”yə 0:2 hesabı ilə uduzub. Bu məğlubiyyətdə matçın gedişində “Bakı”nın 2 futbolçusunun - Vüqar Quliyev və Razaman Abbasovun qırmızı vərəqə almasının da böyük rolu olub.

Cavab görüşündə paytaxt klubu 1:0 hesablı qələbə qazansa da, bu, mərhələ adlamaq üçün kifayət etməyib. Həmin görüşdə “Bakı”nın yeganə qolunu vuran Fərid Quliyev “zolaqlılar”ın tarixinə ÇL-də vurulmuş ilk qolun müəllifi kimi düşüb.

2006/2007 mövsümündə “Bakı” yenidən medalçılar sırasına düşüb. Çempionatı 48 xalla üçüncü pillədə başa vuran “zolaqlılar” bürünc medala sahib çıxıblar.

Bununla, komanda həm də İntertoto kubokunda ölkəmizi təmsil etmək hüququ qazanıb. Lakin bu yarışda da mərhələ adlamaq mümkün olmayıb.

Moldova “Daçiya”sı ilə keçirilən hər iki oyun heç-heçə başa çatıb - 1:1. Penaltilər seriyasında isə “Daçiya” daha dəqiq oynamaqla (3:1) “Bakı”nı mübarizədən kənarlaşdırıb.

2007/2008 mövsümü “Bakı” üçün uğursuz alınıb. Medalçılar sırasına düşə bilməyən “zolaqlılar” avrokuboklardan da kənarda qalıb. Həmin futbol ilini “Bakı” 35 xalla səkkizinci yerə başa vurub.

2008/2009 mövsümündə yeni kollektiv quran makedoniyalı mütəxəssis Qyoko Haciyevki “Bakı”ya tarixində ikinci və sonuncu çempionluğu qazandırıb.

Haciyevskinin rəhbərliyi altında komandanın avrokuboklarda çıxışı da uğurlu alınıb.

Çempionlar Liqasının ikinci təsnifat mərhələsində Litva çempionu “Ekranas”la üz-üzə gələn “Bakı” iki oyunun nəticəsinə görə 6:4 hesablı qələbə qazanmaqla tarixində ilk dəfə avrokuboklarda mərhələ adlayıb. 

Növbəti mərhələdə Bolqarıstan çempionu “Levski” ilə üz-üzə gələn “Bakı” bu dəfə istədiyi nəticəni qazana bilməyib. Bakıda keçirilən ilk görüşdə qapılara qol vurulmayıb.

Səfər matçında isə “Levski” 2:0 hesablı qələbə qazanmaqla yoluna davam edib. Bu məğlubiyyətdən sonra reqlamentə əsasən “Bakı” mübarizəni Avroliqanın pley-off mərhələsində davam etdirmək hüququ qazanıb.

Lakin burada da İsveçrə “Bazel”i keçilməz olub. 2 görüşün nəticəsinə görə 8:2 hesablı qələbə qazanan İsveçrə klubu “Bakı”nı Avroliqanın qrup mərhələsinin bir addımlığında dayandırıb.

2009/2010 mövsümündə “Bakı” dramatik keçən çempionatın yekununda gümüş medalla sahib çıxıb. Komanda həm də tarixidə ikinci dəfə ölkə kubokunun qalibi olub.

Finalda “Xəzər Lənrakən”ı 2:1 hesabı ilə üstələyən “zolaqlılar”a bu dəfə titulu Cüneyt Biçər qazandırıb. UEFA Avropa Liqasının ikinci təsnifat mərhələsindən mübarizəyə qoşulan “Bakı” burada kuryoz hadisə ilə üzləşib.

Belə ki, hər iki matçda 2:1 hesablı qələbə qazanan tərəf “Bakı” olsa da, mərhələni adlayan “Buduçnost” olub. Belə ki, Monteneqro təmsilçisi ilə ilk görüşdə cəzalı Joel Epalle meydana çıxması səbəbindən UEFA “Bakı”ya 0:3 hesablı texniki məğlubiyyət verib.

2010/2011 mövsümü altıncı olan “Bakı” qitə kuboklarına vəsiqə qazana bilməyib.

2011/2012 mövsümündə “Bakı” yenə medalçılar sırasına düşə bilməsə də, tarixində üçüncü dəfə Azərbaycan Kubokunun qalibi olub.

Novruz Əzimovun rəhbərliyi altında “zolaqlılar” finalda “Neftçi”ni 2:0 hesabı ilə məğlub edib. Bu, həm də “Bakı”nın tarixində qazanılan son titul olub.

Avroliqada mübarizəyə birinci mərhələdən başlayan “zolaqlılar” Sloveniyanın “Mura” klubu ilə mübarizədən məğlub ayrılıb. Öz meydanında rəqibin müqavimətini qıra bilməyən (0:0) “Bakı” səfərdə qapısında 2 cavabsız qol görməklə turnirlə elə ilk mərhələdəcə vidalaşıb.

2012-ci ilin 12 iyulunda Lendava şəhərindəki “Sportni park”da keçirilən “Mura” ilə səfər matçı “Bakı”nın tarixində son avrokubok oyunu olub.

2012/2013 mövsümünü “Bakı” beşinci yerdə tamamlayıb. 2013/2014 mövsümündə 57 xal toplayan “Bakı” yenə də beşinci yeri tutub.

2014/2015 mövsümü “Bakı”nın Yüksək Liqada keçirdiyi son mövsüm olub. Klubda yaranan maliyyə problemləri, aparıcı futbolçuların gedişi nəticələrdə də özünü göstərib.

“Araz-Naxçıvan” çempionatdakı çıxışını yarımçıq dayandırdığından “Bakı” 9-cu olmaqla sonuncu pillədə qərarlaşıb. 2015-ci ilm mayın 28-də səfərdə “Qəbələ”yə qarşı baş tutan görüş klubun yüksək liqadakı son matçı kimi tarixdə qalıb.

“Bakı” 2015/2016 mövsümünü I Divizionda keçirib. 2016/2017 mövsümündə isə Həvəskar Liqasında yarışıb.

2023/2024 mövsümündə, nəhayət ki, Dinamo”nun Azərbaycan futboluna qayıdışı baş tutub. AFFA İcraiyyə Komitəsi klubun II Liqada çıxışı barədə qərar qəbul edib.

“Dinamo”nun yaradıcıların olan Yaşar Seyidov yenidən klubun prezidenti təyin edilib. “Dinamo”nun II Liqadakı debütu sentyabrın 5-də Şəkidə baş tutub.